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Es gibt in AstroImageJ drei verschiedene Methoden, um Bilder aufeinander auszurichten (Alignment). Die erste, die Aperaturmethode, wird unten vorgestellt. Alternativ kann man auch die (zeitaufwändige) Methode über das Platesolving WCS wählen. Der Image Stabilizer ist die dritte Methode, die hier jedoch nicht weiter vorgestellt wird.

Es gibt im Wesentlichen zwei Kriterien, die bei einer erfolgreichen Ausrichtung (Alignment) berücksichtigt werden sollten. Erstens sollte die verwendete Blende (Apertur) nicht zu klein gewählt werden, und zweitens sollten alle Referenzsterne in allen Bildern vorhanden sein. Es empfiehlt sich, etwa 5-10 Referenzsterne auszuwählen, die möglichst weit voneinander entfernt liegen. Der Autor bezieht auch immer den zu photometrierenden Hauptstern (Hoststar) mit ein.

• Menü ''Process → Align stack using WCS or apertures…

Beispiel für eine Auswahl von Referenzsternen (siehe Abbildung), um alle Bilder aufeinander auszurichten: Der Hauptstern (Hoststar) wurde als erster in Grün ausgewählt, anschließend wurden möglichst weit auseinander liegende Sterne gewählt. Gestartet wird mit einer großen Blende (Apertur). Man könnte das Alignment auch mehrfach hintereinander mit kleiner werdenden Blenden durchführen, meistens besteht jedoch keine Notwendigkeit dafür.

Die Ergebnisse des Alignments werden in einem Unterverzeichnis mit dem Namen aligned gespeichert (siehe Abbildung). Im CAS-Observatory sollte dieses Verzeichnis anschließend in das Verzeichnis reduced verschoben werden, falls es nicht bereits hier erstellt wurde.

Die WCS-Ausrichtung verläuft analog zur Apertur-Ausrichtung, mit dem Unterschied, dass die Bilder zuvor geplatesolved werden müssen.